История Казанского Богородицкого женского монастыря неразрывно связана с обретением, прославлением и почитанием в России чудотворной Казанской иконы Божией Матери. Эта чудотворная икона является одной из наиболее почитаемых в Русской Церкви. Среди всех богородичных икон Казанский образ имеет наибольшее количество чудотворных почитаемых списков. До революции в сознании большинства русских людей название губернского города Казань ассоциировалось, прежде всего, с Казанской чудотворной иконой, хранившейся в Богородицком женском монастыре.
История обретения чудотворной иконы и основания монастыря такова. В начале июля 1579 года в Казани был большой пожар. Огонь поглотил целый район, примыкавший к Кремлю с северо-востока. Сгорел двор стрелецкого сотника Данилы Онучина (церковное предание говорит о нем, как о стрельце, хотя Онучины - нижегородские дворяне, переселившиеся в Казань в 60-е годы XVI в.). Двенадцатилетней девочке Марфе, дочери сотника Онучина, трижды являлась во сне Пресвятая Богородица, повелевая идти на городское пепелище и обрести Ее образ. Девочка рассказала матери, а та сообщила о видении архиепископу Казанскому Иеремии, который благословил духовенство участвовать в поисках иконы. 8 июня 1579 года девочка Марфа обнаружила икону Богородицы на месте горевшего дома. В этот же день икона была перенесена в приходскую церковь Николы Тульского, расположенную поблизости от места обретения образа Богородицы. В обретении иконы принимал участие священник казанской Николо-Гостинодворской церкви Ермолай, позже - Казанский митрополит, а затем и Всероссийский патриарх и священномученик Гермоген, канонизированный Русской Церковью в 1913 году. Он и описал, в бытность Казанским митрополитом, сказание об обретении иконы и чудотворениях от нее.